این شهر دارای هفت مرکز مهم دانشگاهی می باشد که توانسته با ایجاد قطب علمی هزاران نفر را در این مراکز مشغول به تحصیل کند.

دانشگاه های شهر بندرانزلی عبارتند از :

     دانشگاه آزاد اسلامی واحد بندرانزلی
         پردیس بین‌المللی منطقه آزاد بندر انزلی
             آموزشکده دریایی شهید خدادادی بندر انزلی
        دانشگاه جامع علمی کاربردی بندر انزلی
دانشگاه پیام نور واحد بندر انزلی
          موسسه آموزش عالی مهر آیین بندر انزلی
      واحد بین‌المللی دانشگاه علوم پزشکی